Με την ολοκλήρωση της βαθμολόγησης για το μάθημα "Χρήση Η/Υ και Βάσεις Βιολογικών Δεδομένων" θα ήθελα να ευχαριστήσω όλους/ες όσους/ες έστειλαν ασκήσεις για την προσπάθεια τους και να σας συγχαρώ ως επιτυχόντες/ουσες.
 
Και οι τρεις ασκήσεις βαθμολογήθηκαν ισοβαρώς, ο τελικός βαθμός δηλαδή είναι η μέση τιμή των βαθμών στις τρεις ασκήσεις κάθεμία από τις οποίες βαθμολογήθηκε στην κλίμακα 0-10. Η βαθμολόγηση δεν έγινε με προαπαιτούμενο επιτυχία σε όλες τις ασκήσεις, κάποιος δηλαδή που έπαιρνε κάτω από τη βάση (5) σε μία ή και σε δύο από τις ασκήσεις, βαθμολογούταν κανονικά με το μέσο όρο και των τριών. Επίσης στις λίγες περιπτώσεις που δεν έλαβα κάποια από τις τρεις, ο βαθμός υπολογιζόταν ως η μέση τιμή των τριών ασκήσεων με βαθμό=0 για τις ασκήσεις που δεν παραδίδονταν.
 
Αναλυτικά τώρα για τις τρεις ασκήσεις τα ζητούμενα και η κλίμακα αξιολόγησης είχε ως εξής:
 
1. Πρώτη Άσκηση
α) Στην πρώτη άσκηση η βάση (5) δινόταν εφόσον η αναζήτηση είχε αποφέρει λογικά αποτελέσματα και αυτά παρουσιάζονταν σωστά σε πίνακα/πινακες.  
β) Δύο επιπλέον μονάδες δίνονταν στην περίπτωση που η άσκηση συνοδευόταν από γραφική παράσταση (ιδανικά, δύο καμπύλες στην ίδια γραφική παράσταση).
γ) Μία επιπλέον μονάδα δινόταν για την περίπτωση που οι γραφικές συνοδεύονταν από καμπύλες προσομοίωσης (trendlines) μαζί με την αντίστοιχη εξίσωση για την κάθεμια. Επιπλέον βαθμός δόθηκε σε όσους προσομοίωσαν τις καμπύλες με καμπύλη παραβολής (δευτεροβάθμια) καθώς το σχήμα των γραφικών φαινόταν να υπακούει καλύτερα μια τέτοια σχέση. Ωστόσο γραμμικές προσομοιώσεις (εξισώσεις ευθείας) ή ανώτερα πολυώνυμα (και εκθετικές) θεωρήθηκαν επίσης σωστά.
δ) Από μία έως δύο μονάδες επιπλέον δόθηκαν για τη συνολική εικόνα της αναφοράς (δομή, θέση πινάκων, γραφικών, υποκεφαλίδες κλπ)τον σχολιασμό των αποτελεσμάτων. Περιληπτικά ο σχολιασμός περιλαμβάνει τα εξής βασικά συμπεράσματα:
    - Έναρξη δημοσιεύσεων νωρίτερα για το Παν. Πατρών ως παλαιότερο Ίδρυμα
    - Σταδιακή υποχώρησή του σε σχέση με το πιο δυναμικό Παν. Κρήτης (που υποστηρίζεται από τις κλίσεις των καμπυλών)
    - Πτώση στους αριθμούς δημοσιεύσεων και των δύο Ιδρυμάτων στην τριετία 2009-2012 (πιθανόν λόγω κρίσης υποχρηματοδότησης)
    - Έντονη αύξηση δημοσιεύσεων στα αμέσως επόμενα χρόνια και για τα δύο Ιδρύματα (πιθανότατα λόγω μαζικών δημοσιεύσεων συσσωρευμένων δεδομένων)
 
Συνολικά:
Πίνακες +5
Γραφικές +2
Προσομοιώσεις καμπυλών +1 ή +2
Σχολιασμός-Γενική Παρουσίαση +1 ή +2
 
Ο μέσος όρος σας στην Άσκηση 1 ήταν εξαιρετικά υψηλός: 8.81
 
2. Δεύτερη Άσκηση
α) Η βάση δίνεται σε όσους βρήκαν το σωστό αριθμό γονιδίων. Αυτός ανάλογα με την έκδοση που επιλέγει κανείς κυμαίνεται μεταξύ 6600-6700 γονίδια. Οι περισσότεροι βρήκαν σωστά τον αριθμό αυτό να είναι ίσος με 6692 γονίδια.
β) Τρεις επιπλέον μονάδες δίνονταν για τη σωστή δημιουργία του ιστογράμματος μηκών. Σας θυμίζω εδώ ότι το ιστόγραμμα έχει σκοπό να παρουσιάσει περιληπτικά την κατανομή ενός μεγέθους κι έτσι είναι απαραίτητο να δημιουργήσει κανείς ομάδες μηκών και να μετρήσει το πλήθος των γονιδίων σε κάθε ομάδα (π.χ. από 0-1000 βάσεις είχα 2500 γονίδια, από 1001-2000 βάσεις 1500 γονίδια κ.ο.κ.). Οι περισσότεροι εδώ δυστυχώς παρουσιάσατε απλώς ένα ραβδόγραμμα των μηκών που δίνει ελάχιστες πληροφορίες και ΔΕΝ είναι το ζητούμενο.
γ) Δύο επιπλέον μονάδες δίνονταν για την παρουσίαση της κατανομής γονιδίων ανά χρωμόσωμα είτε με τη μορφή ραβδογράμματος, ή με τη μορφή πίτας.
Έξτρα μέρος βαθμών δόθηκε στην περίπτωση που η ανάλυση συνοδευόταν από σχόλια για το πιθανό μέσο μήκος γονιδίων του Σακχαρομύκητα και τα χρωμοσώματα με το μεγαλύτερο/μικρότερο αριθμό γονιδίων.
 
Συνολικά:
Αριθμός γονιδίων +5
Σωστό Ιστόγραμμα +3
Κατανομή ανά χρωμόσωμα +2
 
Λόγω κυρίως των λάνθασμένων απαντήσεων στο ιστόγραμμα, ο μέσος όρος σας στην Άσκηση 2 ήταν: 7.28
 
3. Τρίτη Άσκηση
α) Η βάση δόθηκε σε όσους εντόπισαν έστω μία εξπανσίνη και δημιούργησαν μια παρουσίαση με τα βασικά χαρακτηριστικά της.
β) Μία επιπλέον μονάδα δόθηκε σε όσους σχολίασαν την οικογένεια και όχι μόνο ένα μέλος.
γ) Μία επιπλέον μονάδα δόθηκε σε όσους εντόπισαν αλληλεπιδράσεις και τις ανέφεραν (είτε σαν δίκτυο, είτε σαν λίστα).
δ) Μία επιπλέον μονάδα δόθηκε σε όσους ανέφεραν τις λειτουργικές υπομονάδες των εξπανσινών από την Prosite.  
ε) Μία επιπλέον μονάδα δόθηκε σε όσους παρουσίασαν τις διάφορες πρωτεϊνες σε ξεχωριστά slides με τα επιμέρους χαρακτηριστικά της καθεμίας, αντί π.χ. για slides που είχαν όλες τις αλληλουχίες μαζί, μετά όλες τις δομές μαζί κλπ, τα οποία δεν είναι λειτουργικά.
στ) Μία μονάδα επιπλέον δόθηκε ανάλογα με την αισθητική της παρουσίασης (χρήση χρωμάτων, γραμματοσειρών κλπ)
 
Συνολικά:
Μια εξπανσίνη +5
Οικογένεια +1
Αλληλεπιδράσεις +1
Λειτουργικές υπομονάδες (domains) +1
Διακριτή παρουσίαση +1
Αισθητική παρουσίασης +1
 
Ο μέσος όρος σας στην Άσκηση 3 ήταν: 7.98

We are delighted to see our first collaboration with members of the Biology Department and IMBB-FORTH bear fruit.
Our work in collaboration with the lab of  Despoina Alexandraki from the Dept of Biology at the University of Crete and IMBB-FORTH, entitled "Rad9 interacts with Aft1 to facilitate genome surveillance in fragile genomic sites under non-DNA damage-inducing conditions in S. cerevisiae" was published last week in Nucleic Acids Research.
The work forms the basis of the PhD thesis of Christos Andreadis, a former student of the Dept of Biology, currently at UCL, and deals with how the DNA damage checkpoint protein Rad9 exhibits a more versatile role than simply signalling for DNA damage. Through a series of elegant experiments including co-localization of Rad9 with the transcription factor Aft1, expression profiling upon Rad9 deletion and genome-wide localization of Rad9, Christos showed that Rad9 also plays a surveillance role in the yeast genome, being preferentially stationed at "high-risk" regions, such as highly expressed genes, sites of origin of replication and recombination hotspots.
CG2's contribution in this work was primarily related to the analysis of primary data, the extraction of genome-wide profiles of protein binding from ChIP-on-chip experiments and the statistical inference of genomic co-localizations. 
You can access the paper freely here, while you may read more about it in the Publications page.

You may now watch the full lecture+QA session on "Topological aspects of genome architecture in S. cerevisiae" as part of the regular colloquia held at IMBB, FORTH.
For more details on published data you may want to check this paper with Joaquim Roca and Roderic Guigo.

Our group has a new paper out in the latest issue of Computational Biology and Chemistry, a journal specializing in topics related to sequence analysis and complexity. The article entitled "Menzerath-Altmann law in mammalian exons reflects the dynamics of gene structure evolution" forms part of a special collective volume dedicated to the "Complexity of the Genome". 
The main focus of our work is the existence of a linguistics law called "Menzerath-Altmann" in the gene structure. According to this law, one may expect that in genes with fewer exons, the mean size of these exons will tend to be greater. Although this property has already been reported by others (see e.g. here) we were able to provide a solid link with the dynamic process of exon evolution.
You can get a glimpse of the paper at the Publications page, while a full-text version is available upon request via e-mail.

To all of you that got into the trouble to evaluate our classes. From what it seems you (the 12 of you who bothered) were fairly satisfied with both the class and my efforts. I promise to work harder next year, starting with what has been a constitutive negative criticism of Computational Biology-BIO315 over the years: The lack of extensive notes and material to study from.
I am getting at it as we speak (...err, write and read).

Have a great summer!

Next week I will be giving a talk on "Topological aspects of genome architecture in S. cerevisiae" as part of the regular colloquia heald at IMBB, FORTH. The talk is scheduled for next Friday July 4th (timely for the 10th anniversary of this) and it will be based mostly on recent advances we've made as a follow-up to this paper with Joaquim Roca and Roderic Guigo.
I will be more than glad to see you there.

CG2 is currently offering a number of interesting topics for undergraduate students to work on as part of their undergraduate theses.

Topics involve original but well-paved projects on sequence analysis of bacterial genomes, DNA structure prediction and structural conservation of genomic sequences. Applicants need no prior knowledge of programming, math or statistics. (Theses are all about learning things like these and many more!). All it takes is genuine interest, the will to learn new stuff and a personal computer.

Those interested can simply send me an e-mail, briefly mentioning any particular interest the may have on the group's activities. 
Alternatively just drop by our new lab (Room 223, 2nd Floor, Biology Department) during office hours (Tuesday and Wednesday 10.00-13.00) for a first tour through the exciting world of Computational Genomics.